Nadat de transformatie is uitgevoerd zal die slechts in een gedeelte van de organismes daadwerkelijk gelukt zijn. Uiteindelijk is het dus zaak om de genetisch gemodificeerde organismen te scheiden van de organismen die het DNA niet hebben opgenomen. Om de geslaagde cellen te kunnen selecteren in het laboratorium worden markers, onder andere antibiotica resistente markers, aan het in te brengen gen gekoppeld.